Είναι γνωστό ότι τα ορεινά δάση στη χώρα μας δημιουργούν ομοειδείς ομάδες, οι οποίες διαμορφώνονται κατά υψομετρικές ζώνες (ζώνες βλάστησης). Σε ολόκληρη τη χώρα οι βασικές ζώνες βλάστησης είναι πέντε, από τις οποίες στο Μενοίκιο υπάρχουν οι τρεις: απουσιάζει η γνήσια ευμεσογειακή ζώνη βλάστησης (Quercetalia ilicis) και η εξωδασική βλάστηση των υψηλών ορέων. Πέρα από τις ζώνες αυτές, υπάρχει και η αζωνική βλάστηση που δημιουργείται από δάση εξαρτώμενα από ιδιαίτερους τοπικούς εδαφικούς παράγοντες και κυρίως από το βαθμό υγρασίας (παραποτάμια δάση).
1. Η παραμεσογειακή ζώνη βλάστησης των θερμόβιων φυλλοβόλων δρυών (Quercetalia pubescentis)
Η Ελληνική ηπειρωτική χώρα περιβάλλεται από τη χαρακτηριστική βλαστητική ζώνη των αείφυλλων σκληρόφυλλων θάμνων, η οποία ονομάζεται μεσογειακή βλάστηση. Όσο ανέρχεται κανείς στα όρη ή εισχωρεί στο εσωτερικό της χώρας, παρατηρεί ότι η μεσογειακή βλάστηση υποχωρεί βαθμιαία και στη θέση της εμφανίζεται η ζώνη των φυλλοβόλων πλατύφυλλων και κυρίως των δρυοδασών, η οποία είναι γνωστή ως Quercetalia pubescentis, εξαιτίας της κυριαρχίας της χνοώδους δρυός (Quercus pubescens). Το κλίμα στη ζώνη αυτή είναι μεταβατικό μεταξύ μεσογειακού και ηπειρωτικού.
Σε αρκετά σημεία της χαμηλής ζώνης του Μενοικίου, η βλάστηση παρουσιάζει έντονο μεσογειακό χαρακτήρα χωρίς όμως στην πραγματικότητα να είναι. Την ασάφεια προκαλεί η εξάπλωση του πουρναριού (Quercus coccifera) και στις δύο ζώνες. Όμως, απουσιάζουν βασικά είδη της μεσογειακής βλάστησης και κυρίως, οι αείφυλλοι σκληρόφυλλοι θάμνοι, όπως είναι ο σχίνος (Pistacia lentiscus), η αγριελιά (Olea europaea var. sylvestris), ο ασπάλαθος (Calicotome villosa), το δενδρώδες ρείκι (Erica arborea), το κρητικό λαδάνι (Cistus creticus) και άλλα.
Η ζώνη διαιρείται φυσιογνωμικά, οικολογικά και χλωριδικά σε δύο υποζώνες: στην υποζώνη της οστριάς και του γαύρου (Ostryo-Carpinion) και στην υποζώνη της πλατύφυλλης δρυός (Quercion confertae (frainetto)-cerris).
Υποζώνη της οστριάς και του γαύρου (Ostryo-Carpinion)
Στο Μενοίκιο η υποζώνη της οστριάς και του γαύρου Ostryo-Carpinion διακρίνεται σε επί μέρους αυξητικούς χώρους: του πουρναριού και γαύρου (Coccifero-carpinetum), του ανατολικού γαύρου (Carpinetum orientalis) και του πουρναριού Quercetum cocciferae.
Ο αυξητικός χώρος του πουρναριού και του γαύρου καταλαμβάνει σημαντικές περιοχές του Μενοικίου. Πρόκειται για σύμπυκνες θαμνοσκεπείς εκτάσεις που μοιάζουν φυσιογνωμικά με αυτές των αείφυλλων σκληρόφυλλων ειδών, γι αυτό και θεωρούνται ως ψευδοσκληρόφυλλη βλάστηση (ψευδομακί). Κυρίαρχα είδη του αυξητικού αυτού χώρου είναι ο ανατολικός γαύρος και το πουρνάρι .
Ο αυξητικός χώρος του ανατολικού γαύρου εμφανίζεται κυρίως στις ανατολικές πλαγιές του Μενοικίου Όρους (προς το Δήμο Προσοτσάνης). Κυριαρχούν οι φυλλοβόλοι θάμνοι με επικράτηση του γαύρου. Στις περιοχές αυτές αντικαθιστά το Coccifero-carpinetum ή το διαδέχεται καθ ύψος. Η βλάστηση εδώ αποτελείται κυρίως από φυλλοβόλα είδη, όπως ο γαύρος, ο φράξος (Fraxinus ornus), το ρούδι (Rhus cοriaria), τα σφενδάμια (Acer spp.), η κρανιά (Cornus mas), οι σουρβιές (Sorbus spp.), η οστριά (Ostrya carpinifolia), οι θερμόβιες δρύες (Quercus pubescens, Q. frainetto), κ.λ.π.
Ο αυξητικός χώρος του πουρναριού δημιουργείται εκεί όπου υπάρχει έντονη υποβάθμιση είτε λόγω βοσκής, είτε λόγω συχνών πυρκαγιών, επειδή η εξάπλωση του ευνοείται από την ανθρώπινη δραστηριότητα και τις συχνές πυρκαγιές και είναι προϊόν υποβάθμισης παλαιότερων φυσικών δασών.
Υποζώνη πλατύφυλλης δρυός (Quercion confertae (frainetto)-cerris)
Με την αύξηση του υψομέτρου εμφανίζεται μια ζώνη με ιδιόμορφα δάση φυλλοβόλων πλατύφυλλων που υπάγεται στην υποζώνη της πλατύφυλλης δρυός (Quercion frainetto-cerris). Η υποζώνη αυτή εκτείνεται ως λοφώδης-υποορεινή ή και ορεινή σε ολόκληρο το Μενοίκιο. Εμφανίζεται σε μεταμορφωσιγενή πετρώματα στο Α και ΝΑ τμήμα, σε υψόμετρο από 600 μ. (συναντώνται μερικές φορές και στα 400 μ.) έως 1.300 μ., καθώς επίσης και βορειότερα σε γρανιτικά πετρώματα (όρη Βροντούς). Στην υποζώνη αυτή ανήκει περίπου το 1/3 των Ελληνικών δασών. Διακρίνονται δύο αυξητικοί χώροι: της πλατύφυλλης δρυός (Quercetum frainetto) και της καστανιάς (Castanetum).
Ο πρώτος καταλαμβάνει τις ξηρότερες και σχετικά πτωχότερες περιοχές, κυρίως σε ασβεστολιθικά υποστρώματα, όπου είναι αδύνατο να αναπτυχθούν τα δασικά οικοσυστήματα της καστανιάς. Συντίθεται από ξυλώδη είδη όπως χνοώδη δρυς (Quercus pubescens), πλατύφυλλη δρυς (Q. frainetto), άρκευθος (Juniperus oxycedrus), σουρβιά (Sorbus domestica), φουντουκιά (Corylus avellana), σφεντάμι (Acer sp.), φράξος (Fraxinus ornus, F. αngustifolius), κράταιγος (Crataegus monogyna), φλαμουριά (Tilia tomentosa) και οστριά (Ostrya carpinifolia).
Ο δεύτερος αντιπροσωπεύει μεικτά δάση φυλλοβόλων πλατύφυλλων που συντίθενται από καστανιά (Castanea sativa), φλαμουριά (Tilia sp.), φουντουκιά, πλατύφυλλη δρυ, σφενδάμια, οστριά, γαύρο (C. betulus), φράξο (F. ornus), κ.λ.π..
2. Ζώνη δασών οξιάς- ελάτης (Fagion sylvaticae)
Η ζώνη της οξιάς (Fagus sylvatica) έχει όλα τα χαρακτηριστικά της ψυχρής, υγρόφιλης μεσευρωπαϊκής βλάστησης. Αναπτύσσεται στις ανατολικές πλαγιές του Μενοικίου Όρους, σε υψόμετρο από 600 μ. έως 1.600 μ., επάνω σε γνεύσιους και ασβεστόλιθους. Επίσης, συναντάται στο βόρειο τμήμα του Μενοικίου προς τα γρανιτικά εδάφη των ορέων της Βροντούς. Τα δάση της οξιάς εμφανίζονται κατά διάσπαρτες νησίδες.
Μέσα στα χαμηλά τμήματα της διεισδύει η δρυς και η καστανιά. ’λλα δασικά είδη της ζώνης αυτής είναι: οστριά, φράξος, γαύρος, φτελιά (Ulmus minor), κρανιά, προύνος (Prunus insitia), άρκευθος (J. oxycedrus, J. communis), κράταιγος (C. monogyna, C. orientalis), κ.ά.
Μέσα σε δάσος από αμιγή οξιά στο δασικό σύμπλεγμα του Μενοικίου όρους, στην περιφέρεια Δράμας (Μικρόπολις), δημιουργείται μια μικρή «κηλίδα» μεικτού δάσους οξιάςυβριδογενούς ελάτης (Abies borisii-regis).
3. Ζώνη των ορεινών- μεσογειακών (υποαλπικών) λιβαδιών (Daphno-Festucetalia)
Πάνω από τα 1.100 μ., σε ασβεστολιθικά εδάφη, στο Δυτικό Μενοικίο συναντάται η υψηλότερη δασική βλαστητική ζώνη των ορεινών – μεσογειακών (υποαλπικών) λιβαδιών. Η βλάστηση είναι κυρίως ποώδης. Οι θάμνοι, που σποραδικά εμφανίζονται, είναι σε νανώδη μορφή εξαιτίας των καταστροφών των επικόρυφων οφθαλμών από τους δυνατούς ανέμους και τα χιόνια. Το μέσο ύψος βλάστησης δεν ξεπερνά τα 50-70 εκ. Αντιπροσωπευτικά είδη είναι φεστούκες (Festuca varia, F. koritnikensis), αστράγαλοι (Astragalus angustifolius, A. depressus), θυμάρια (Thymus cherlerioides, T. thracicus), τριφύλλι (Trifolium alpestre), στίπα (Stipa pennata subsp. pulcherrima), τσιμηλιά (Bromus riparius), κολλιτσίδα (Galium rhodopeum), αγριογαρυφαλλιά (Dianthus gracilis), ευφόρβια (Euphorbia baselicis), αλογοθυμαριά (Anthyllis aurea), γκενίστα (Genista tinctoria). Στη ζώνη αυτή υπάγονται και οι περίφημοι οικότοποι των ασβεστολιθικών ορθοπλαγιών (κρημνών) με χασμοφυτική βλάστηση. Οι οικότοποι αυτοί έχουν μεγάλη σημασία για την ορνιθοπανίδα της περιοχής.
4. Αζωνική βλάστηση
Πρόκειται για την παρόχθια βλάστηση των περιοδικής ροής ρεμάτων του Μενοικίου (Ελαιώνα, Τιμίου Προδρόμου και Μακρυποτάμου). Ιδιαίτερο ενδιαφέρον εμφανίζει η παρόχθια βλάστηση που αναπτύσσεται κατά μήκος του ρέματος του Τιμίου Προδρόμου, λόγω του προστατευτικού ρόλου που παίζει, τόσο όσον αφορά τη συγκράτηση των εδαφών στις απότομες και διαβρωσιγενείς επιφάνειες των πρανών του ρέματος, όσο και σχετικά με την ποικιλότητα των ειδών της χλωρίδας και πανίδας της περιοχής. Στις χαμηλότερες θέσεις κυριαρχούν τα πλατάνια (Platanus orientalis), ενώ στις υψηλότερες θέσεις τα σκλήθρα (Alnus glutinosa). Κατά θέσεις, στις κοίτες των ρεμάτων, υπάρχουν παλιές αναδασώσεις τραχείας πεύκης (Pinus brutia, ρέμα Ελαιώνα) και κυπαρισσιού (Cupressus sempervirens, ρέμα Τιμίου Προδρόμου). Στο ρέμα του Μακρυποτάμου επικρατούν σκλήθρα, ιτιές (Salix spp.) και φράξοι.